本田翁は三種の神器を天皇専用の「鎮魂の器械」という。鎮魂石には天宇受賣大神が御鎮まりになっているが、三種の神器にも御神霊が鎮まっている。異なる点は、鎮魂石に対する鎮魂法は、それを意図して行う必要があるが、三種の神器を用いての鎮魂法は、天皇が意図して行う必要がないという点だ。つまり天皇の側に奉斎されることによって、無意識化ではあるが常に鎮魂の影響下にあるということだ。これは「宝鏡奉斎の神勅」、つまり「与に床を同じくし殿を共にして、斎鏡とすべし」の効果とも言えよう。
崇神天皇まではオリジナルが全て天皇の元にあった。その後、八咫鏡と天叢雲剣（草薙剣）は宮中を離れるが、形代が天皇の元（「剣璽の間」）に祀られている。天皇は古代より、このように「神から授かった鎮魂法」を実践されているのだ。